L’histoire nous révèle la face sombre de l’Association des Hunters.

Les Hunters les plus forts qui existaient autrefois dans l’Association ont été divisés en Lumière et Ténèbres, et chacun prirent leur propre chemin.

Tout bascule quand ceux des Ténèbres commencent à sortir de l’ombre pour éliminer les Hunters.

Que fera Gon quand les sombres secrets de Netero, le plus fort utilisateur de Nen & président de l’Association des Hunters, seront dévoilés …?

Kurapika est devenu un Hunter pour se venger de la Brigade Fantôme, une organisation à l’origine du massacre de son clan.
En effet, les yeux des membres du clan Kurta deviennent écarlates lors de fortes émotions et se vendent extrêmement chers au marché noir. Malgré l’intervention de Gon, Killua et Leorio, Kurapika se fait voler ses yeux.
Ainsi commence le combat contre la Brigade Fantôme et la véritable identité du N°4.